El funcionamiento del Mecanismo de Coordinación y Cooperación en materia de Drogas CELAC-UE está pactado en el Documento de Procedimientos de Trabajo del Mecanismo, aprobado durante la XI Reunión de Alto Nivel del Mecanismo en Quito de mayo de 2009.

Es de destacar el papel de las co-presidencias del Mecanismo. En el caso de la UE, ésta es rotativa por un periodo de 6 meses y es asignada al país que ostenta la Presidencia del Consejo de la UE. Para CELAC la co-presidencia es rotativa anualmente, bajo propuesta del país interesado y aprobada por los demás países de la región durante las Reuniones de Alto Nivel del Mecanismo.

Existen 2 niveles de funcionamiento en el seno del Mecanismo:

• A nivel político: se cuenta con la Reunión de Alto Nivel de Funcionarios de CELAC y UE competentes en la materia. Se trata de reuniones anuales que tienen lugar en uno de los países que ejercen la co-presidencia, con alternancia de región. Todos los acuerdos se adoptan por consenso.
• A nivel técnico: existe un Comité Técnico del Mecanismo, que funciona en Bruselas y se reúne dos veces al año, a menos que las circunstancias demanden reuniones adicionales. Este Comité está conformado por representantes de los países de CELAC y de la UE competentes en la materia, además de la Comisión Europea. Se trata de un foro único y privilegiado para el tratamiento de la temática de drogas y para la coordinación de políticas y acciones conjuntas en foros internacionales.